Первую ступень системы составляют арбитражные суды субъектов Российской Федерации (республик, краев, областей, городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, автономной области и автономных округов). В то же время допускается действие как одного арбитражного суда на территории нескольких субъектов Федерации , так и нескольких арбитражных судов на территории одного субъекта Федерации .
Деятельность арбитражных судов субъектов Федерации в основном связана с разрешением дел по первой инстанции. Кроме того, они выступают в качестве апелляционных судов по повторному рассмотрению дел, бывших предметом разрешения тех же судов по первой инстанции.
Весьма важна работа арбитражных судов субъектов Федерации по изучению и обобщению судебной практики, подготовке предложений по совершенствованию законов и иных нормативных актов, по анализу судебной статистики. Суды этого звена системы арбитражных судов наделены также правом обращения в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению по делу, рассматриваемому ими по первой или по апелляционной инстанции. Вторую ступень системы арбитражных судов занимают федеральные окружные арбитражные суды. Они являются судами по кассационной проверке законности судебных постановлений по делам, рассмотренным нижестоящими судами по первой инстанции и в апелляционном порядке. В Российской Федерации образовано десять федеральных окружных судов, каждый из которых распространяет свою деятельность на определенные регионы страны, состоящие из территорий нескольких субъектов Федерации . Так, федеральный арбитражный суд Московского округа осуществляет проверку судебных постановлений, принятых арбитражными судами Москвы и Московской области, а федеральный суд Центрального округа судебных постановлений арбитражных судов Белгородской, Брянской, Воронежской, Калужской, Курской, Липецкой, Орловской, Рязанской, Смоленской, Тамбовской и Тульской областей.
Федеральные арбитражные окружные суды также вправе пересматривать по вновь открывшимся обстоятельствам принятые ими и вступившие в законную силу судебные акты. Как и суды субъектов Федерации , федеральные арбитражные суды вправе обращаться в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению в рассматриваемом ими деле, изучать и обобщать судебную практику, подготавливать предложения по совершенствованию законов и иных нормативных актов, анализировать судебную статистику.